Развитие медицинского образования и науки на Пензенской земле имеет давнюю историю. В последний год царствования императрицы Екатерины Второй, которая сама себя причисляла к плеяде Просветителей Европы и Азии, был подписан Указ об открытии в Пензе Медицинского Университета. Но ее кончина помешала открытию Медицинского Университета.

Нашему городу пришлось ждать появления этого учебного заведения без малого 200 лет. Только 4 ноября 1937 года Пензенский городской Совет принял решение об открытии медицинского института. Здание на ул. Садовой, 3, (ныне — Лермонтова) было построено при активнейшем участии академика Николая Ниловича Бурденко и его учеников. Сформировать преподавательский состав будущего института было поручено известному пензенскому врачу, автору многих научных трудов, публиковавшихся за границей, создателю городского пункта скорой помощи и так называемого «ракового пункта», положившего начало областному онкодиспансеру, Н.М. Савкову. Однако и на этот раз открытия не состоялось из-за отсутствия преподавательских кадров. Пустующее здание передали для размещения обкома ВКП(б) вновь образованной Пензенской области. О том, что когда-то это строение предназначалось для вуза, в то время напоминали только две скульптуры: девушка и юноша с раскрытыми книгами в руках.

Получив новый статус, здание начало перестраиваться. В ходе этого переоборудования были сняты скульптуры со сдвоенных пилястров фасада здания и с постаментов при входе на внешнюю лестницу. В 1940 году Обком партии переехал в отремонтированное и переоборудованное новое здание. Первая инвентаризация корпуса проведена хозяйственными службами Обкома партии в 1951 году.

В 1958 году, после переезда Обкома партии в Дом Советов, здание на ул. Садовой сначала было передано строительному институту, но вскоре это решение было изменено и здание поступило в распоряжение вновь образованного научно-исследовательского института вычислительной техники. В 90-х годах прошлого века НИИВТ сложно было сохранить объемы своих научных исследований в связи со сложной экономической ситуацией, и он фактически прекратил крупные разработки. 

16 июня 1999 года приказом №1679 Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации ПГУ получил право ведения образовательной деятельности по специальности 040100 Лечебное дело со сроком обучения 6 лет по очной форме обучения. До 2003 года был факультетом ПГУ и только 10 лет назад был реорганизован в отдельный институт. С момента образования и до настоящего времени институт возглавляет д.м.н., профессор Александр Николаевич Митрошин. 

С открытием медицинского института в 10-м корпусе начала комплектоваться медицинская научная библиотека, полностью обеспечивающая учебный процесс. Сегодня библиотечный фонд составляют более 55 тысяч печатных изданий. Кроме того, студенты имеют открытый доступ к электронным библиотечным ресурсам. Тогда же в медицинском институте был заложен анатомический музей, ставший впоследствии настоящей жемчужиной. Сегодня он насчитывает около 400 научных препаратов из основных разделов анатомии человека: остеологии, артрологии, спланхнологии, ангиологии, неврологии, онтогенеза органов и систем. Большинство экспонатов подготовлено самими студентами при выполнении курсовых проектов. Здесь же хранятся результаты исследований останков древних людей, найденных в ходе раскопок Золоторевского городища. 

28 ноября 2013 года в здании Медицинского института Пензенского государственного университета была открыта Мемориальная доска в честь бывшего первого секретаря Пензенского обкома КПСС Сергея Михайловича Бутузова. На основании приказа ректора ПГУ № 857/О от 29.09.14 г. в структуре Медицинского института были сформированы Лечебный факультет и Факультет стоматологии.

Факультет стоматологии разместился в историческом здании по улице Чкалова, 56. Изначально строение это принадлежало статскому советнику Павлу Ивановичу Яшеву (середина 19 века). В марте 1857 года оно было куплено пензенским семинарским правлением для размещения духовного училища, открытого еще в 1818 году и располагавшегося во флигеле духовной семинарии. В новом здании училище пробыло всего лишь год и возвратилось в семинарский флигель, так как в здание училища перешла духовная семинария, корпус которой сильно пострадал во время пожара 29 июля 1858 года.

5 февраля 1867 года при семинарии открылась воскресная школа для мальчиков. В 1868 году, когда закончился ремонт семинарского здания, училище вернулось в бывший дом Яшева, где и находилось до 1918 года. Первоначально на территории усадьбы имелось два двухэтажных каменных здания, располагавшихся вдоль улицы Дворянской (ныне Красной). В начале 1900-х годов к угловому дому была сделана пристройка, в результате чего парадный фасад здания переместился на Поперечно-Покровскую (ныне Чкалова). В 1903 году в училищный корпус перенесли из деревянного здания общежития церковь во имени Святого апостола Иоанна Богослова, освящение которой состоялось 16 сентября того же года — в день училищного храмового праздника. 

В период пребывания семинарии в этом здании в ней учились: историк Василий Осипович Ключевский, доктор медицины хирург Николай Иванович Студенский, а воспитанниками располагавшегося здесь училища были писатель С. Елеонский (Миловский), Александр Алексеевич Богданов, чье имя носит одна из улиц современного города, и основоположник нейрохирургии Николай Нилович Бурденко.

До 2012 года в здании располагался Юридический Факультет Пензенского государственного педагогического университета им. В.Г. Белинского. После реорганизации Пензенского государственного педагогического университета им. В.Г. Белинского, в форме присоединения к Пензенского государственному университету, здание было передано Медицинскому институту ПГУ. С 2013 года здесь размещается учебный корпус № 17 кафедры стоматологии Медицинского института ПГУ, а с 2014 года - деканат Факультета стоматологии.

С 2015 года в корпусе Медицинского института ПГУ проходила масштабная реконструкция, был произведен капитальный ремонт, появились мультимедийные аудитории, специализированные учебные аудитории с современным оборудованием. Был обновлен актовый зал, где проходят конференции, заседания научных кружков, а также занятия студентов. Здесь же расположена галерея выдающихся деятелей, внесших значительный вклад в становление и развитие медицинского образования в Пензенской области: портреты императрицы Екатерины II Великой, академика Н. Н. Бурденко, губернаторов Пензенской области В. К. Бочкарева и И. А. Белозерцева, ректоров университета Е. А. Ломтева, В. И. Волчихина, А. Д. Гулякова, первого проректора с 2000 по 2017 г. В. А. Мещерякова.

В корпусе оборудована комфортная зона для студентов, где они могут готовиться к семинарам и практическим занятиям.

1 сентября 2016 года в фойе первого этажа здания Медицинского института был открыт бюст академику Академии медицинских наук СССР Николаю Ниловичу Бурденко, положивший начало галерее гипсовых бюстов выдающихся медиков. Сегодня коллекцию составляют бюсты врача, философа, отца медицины Гиппократа; заслуженного профессора Московского университета, основателя московской клинической школы, почетного члена Императорской Санкт-Петербургской академии наук Г. А. Захарьина и врача-терапевта, общественного деятеля, профессора Медико-хирургической академии С. П. Боткина. Все это подарки выпускников родному институту.

На данный момент в составе Медицинского института работает 16 кафедр. Занятия проводят высококвалифицированные преподаватели, среди которых 22 доктора и 65 кандидатов наук. Медицинский институт реализует 30 программ ординатуры и 8 направлений аспирантуры. Обучение ведется согласно Федеральному государственному образовательному стандарту.

Выпускники имеют возможность продолжить обучение в ординатуре. Специальность ординатуры можно выбрать из следующего квалификационного ряда: терапевт, кардиолог, хирург, онколог, травматолог-ортопед, дерматовенеролог, акушер-гинеколог, невропатолог, психиатр и др. Медицинский институт не только занимается подготовкой практикующих врачей-лечебников, но и большое внимание уделяет научным кадрам. В университете работает аспирантура по направлениям «Фундаментальная медицина» («Патологическая анатомия», «Патологическая физиология», «Фармакология, клиническая фармакология»), «Клиническая медицина» («Кардиология», «Хирургия», а первые шаги в науку студенты могут сделать через студенческие научные кружки. В дальнейшем под руководством опытных наставников вчерашние студенты с успехом защищают диссертационные работы.

Студенты и преподаватели гордятся общественной жизнью медицинского института. Учащиеся принимают активное участие в творческой жизни университета. «Первокурсник», «А ну-ка парни», «Мисс ПГУ», «КВН», «Универовидение», «Международный день студента», «Татьянин день», «Весенние вечера» - это наиболее значимые и яркие мероприятия. Активисты института ежегодно организуют и проводят «День знаний», «День Медицинского института», «День донора», «Самый умный первокурсник», «День выпускника» и другие мероприятия. Кроме того, в Медицинском институте развита система самоуправления. В настоящее время действуют следующие студенческие организации: Студенческий совет, Студенческое научное общество, Профсоюзная студенческая организация.

Особое внимание студенты уделяют научно-исследовательской деятельности на медицинскую тематику. Их труды неоднократно отмечены премиями и дипломами как всероссийского, так и зарубежного уровней. Каждый год проводятся ежегодные олимпиады по различным дисциплинам, конкурс на лучший студенческий научный кружок. Осуществляется воспитательная работа для повышения интеллигентности, конкурентоспособности, культуры поведения студентов.